流動相瓶蓋需要與大氣連通的主要原因是為了平衡瓶內和外部的壓力，并確保溶劑的穩定供給。

當流動相從瓶中流出時，瓶內會形成負壓。如果沒有與大氣連通的孔，負壓可能會阻礙流動相的順暢流出，導致流速不穩定甚至停止。通過與大氣連通的孔，可以平衡瓶內的負壓，確保溶劑能夠平穩地流出。

此外，與大氣連通的孔還可以有助于穩定流動相的壓力。在色譜系統中，溶劑需要以適當的壓力流經氣動閥門和色譜柱。如果瓶內的壓力無法平衡，將無法維持所需的流動相壓力，嚴重影響分析結果和分離性能。

因此，通過與大氣連通的孔，流動相瓶蓋可以實現壓力平衡，穩定流速，并確保適當的溶劑供給，從而提高色譜實驗的準確性和可靠性。